"La conducta del capitán del FSB [Alexéi] Jizhniak no es profesional, menosprecia mi dignidad y amenaza mi vida", afirmó Whelan a través de un intérprete.
El juez que preside de la sesión, en la que se decidió que Whelan permanecerá bajo custodia durante tres meses más, le explicó al acusado que sus derechos de recusación se extienden a miembros del juzgado y representantes del Ministerio Público, pero no al juez instructor.
Portavoces del FSB no han comentado por el momento la declaración de Whelan.
Whelan, de 49 años, había entrado en Rusia con pasaporte estadounidense, pero también tiene los del Reino Unido, Canadá e Irlanda.
De acuerdo con el periódico The Washington Post, visitó Rusia en varias ocasiones desde 2007.
El fabricante estadounidense de piezas de recambio para automóviles BorgWarner confirmó que Paul Whelan es su responsable de seguridad.
Las leyes vigentes en Rusia prevén una pena de 10 a 20 años de cárcel por el delito de espionaje.
Whelan niega los cargos e insiste en que llegó a Rusia para asistir a la boda de un amigo.