El inicio de las Fuerzas Navales de Azerbaiyán se remonta al 5 de agosto 1918, cuando el gobierno de la República Democrática de Azerbaiyán estableció la fuerza de la marina de guerra sobre la base de la flota imperial ruso desplegado en el sector de Azerbaiyán del Mar Caspio. La marina tenía 6 barcos. Después del establecimiento del régimen soviético en Azerbaiyán, la marina fue transferida a estar bajo la jurisdicción de la Armada Soviética. En 1991, con el colapso de la Unión Soviética, la flota de Azerbaiyán de la Armada Soviética se dividió entre Azerbaiyán y la Federación Rusa. En julio de 1992, los barcos de Azerbaiyán se pusieron en funcionamiento bajo la bandera de Azerbaiyán en el sector de Azerbaiyán del Mar Caspio. De acuerdo con el Decreto Presidencial de Heydar Aliyev, a partir de 1996, el 5 de Agosto fue declarado el Día de la Marina de Azerbaiyán. A partir de hoy, la Marina de Azerbaiyán es considerada la segunda más fuerte en el Mar Caspio después de la flota rusa.

Fighting Ships de Jane dijo en su entrada para la Marina de Azerbaiyán en su edición de 2001 a 2002 que 'la Guardia Costera se formó en julio de 2002 con los buques transferidos desde el Caspio flotilla y la guardia fronteriza. En 1995 el control general se había reanudado por los rusos con el fin de proporcionar mantenimiento y apoyo adecuados. El objetivo era ser independiente otra vez a su debido tiempo.' Actualmente, la marina está dirigida por el capitán de primer rango Zaur Gumbetov.

El sitio de la antigua base naval soviética en Bakú ahora se transforma en uso no militar e incluye un centro de arte. La base y el astillero de corriente se encuentran entre Puta y Qaradagh.

En 2001, Azerbaiyán creó una unidad de fuerzas especiales que se estableció con la cooperación de la Armada turca. La estructura de la formación y la organización de la unidad puede ser similar a las fuerzas especiales turcas, Su Altı Taarruz y Estados Unidos las fuerzas especiales que tienen una relación de entrenamiento con ellos.

En 2004, un SELLO de la marina equipo de Little Creek anfibio Base, Va., participó en ejercicios conjuntos con la unidad 641a de Guerra Especial Naval de la Marina de Azerbaiyán, con sede en la Base Naval azerí fuera de Bakú. La unidad ha sido descrito como un 'impresionante nueva unidad de fuerzas especiales marítimas.

En 2005, la División Marítima Blackwater de EE.UU. fue contratada para llevar a cabo la formación de interdicción para las fuerzas especiales navales de Azerbaiyán.

En 2006, el Gobierno de Estados Unidos donó tres lanchas de la Marina de Azerbaiyán. También hay un acuerdo para proporcionar apoyo de los Estados Unidos para la renovación de los buques de guerra de Azerbaiyán en el Mar Caspio.

El 19 de mayo de 2006, la armada azerbaiyana y la marina de guerra turca llevaron a cabo un ejercicio militar conjunto en salvaguardar la seguridad de los oleoductos y gasoductos en Bakú. La sesión de entrenamiento se observó por el comandante de la marina de guerra Azerbaiyán Shahin Sultanov y de la turca por Seyhan Ceyhan. Las actividades destinadas a garantizar la seguridad del oleoducto Bakú-Tbilisi-Ceyhan (BTC), el principal oleoducto de exportación para exportar el petróleo del Caspio a Turquía y más adelante a los mercados mundiales, que también sirve a la ampliación de la cooperación entre las fuerzas militares de los dos países. Los ejercicios comenzaron con la remoción de minas en el lecho marino. Esto fue seguido por neutralización de las trampas sembradas en la zona de los terroristas simbólicos. El entrenamiento concluyó con la práctica de las operaciones marítimas y aéreas.

En 2007, se celebró un acuerdo entre la Marina de Azerbaiyán y una compañía militar de Estados Unidos, según la cual una parte de la Marina de Azerbaiyán estaría equipada con láser de puntería, dispositivos / sistemas avanzados. Especialistas de la compañía de Estados Unidos también se debieron a dar una formación para el uso de este nuevo equipo.

La Iniciativa de la Guardia Caspio es un programa marco destinado a coordinar actividades en Azerbaiyán y Kazajstán con los del Comando Central de Estados Unidos y otras agencias del gobierno de Estados Unidos para mejorar la seguridad en el Caspio. La iniciativa ayuda a los dos países a mejorar su capacidad para prevenir y, si es necesario, responder al terrorismo, la proliferación nuclear, evitar el tráfico de droga y de personas, y otras amenazas transnacionales en la región del Caspio. EUCOM es responsable de las operaciones en Azerbaiyán.

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