El 8 de abril de 1992, durante la independencia de Azerbaiyán, el teniente del Ejército Soviético Vagif Kurbanov que sirvió en el 80° Regimiento Separado de Asalto en la Base Aérea de Sitalchay, secuestró una aeronave Sukhoi Su-25 llevándola al aeródromo civil de Yevlakh, asegurando para la Fuerza Aérea de Azerbaiyán el primer equipo de combate. En 1992 se comenzó a reformar la Fuerza Aérea nacionalizándose las estructuras y fusionándose la Fuerza Aérea con las Fuerzas de Defensa Aérea, quedando al mando el mayor general Rail Rzayev.
Para octubre de 2004 la Fuerza Aérea y de Defensa Aérea comprendía un escuadrón de cazas Mig-25 en la Base Aérea de Nasosnaya, un regimiento de aviones bombarderos en Kyurdamir con Su-17, Su-24, Su-25, MiG-21, y aeronaves de entrenamiento L-29 / 39s; un escuadrón de transporte estratégico en el Aeropuerto de Ganja con Il-76, Аn-12, An-24, y Тu-134s, un escuadrón de helicópteros basado en la Base Aérea Baku Kala con Мi-2 y Mi-8, dos talleres de reparación de aeronaves y dos unidades de misiles de defensa aérea. Otras bases aéreas incluyen la base aérea de Dollyar, el Aeropuerto de Nakhichevan, la Base Aérea de Sanqacal, y la Base Aérea de Sitalcay.
Los pilotos azeríes son entrenados en la Escuela de la Fuerza Aérea de Azerbaiyán y luego desarrollan sus habilidades más allá dentro de sus unidades. Azerbaiyán tiene un intercambio de entrenamientos con Turquía, Estados Unidos, Ucrania y otros países de la OTAN. La Escuela de la Fuerza Aérea de Turquía desempeña un gran papel en la formación de pilotos militares. Los pilotos azerbaiyanos también son entrenados en la Escuela de Pilotaje de Ucrania.
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