La organización de Cooperación Económica del Mar Negro se coopera con los Estados-miembros en las esferas de agricultura, finanzas, educación, cultura, turismo, comercio, transporte, energía, salud, etc.

Por primera vez el Presidente de Azerbaiyán participó en la cumbre de la organización económica del Mar Negro el 25 de octubre de 1996, cuando los estados miembros firmaron la Declaración de Moscú. Un año después, en 1997, en Estambul, en la conferencia de la organización sobre el tema "Nuevas oportunidades de la región del Mar Negro" participó e intervino Heydar Aliyev. También, Azerbaiyán participó en las reuniones de los jefes de los estados miembros de la organización el 1998 en Yalta, en 1999 y 2002 en Estambul, en  las que se discutieron las relaciones mutuas en diversas esferas.

En el abril del 2004 en Bakú fue realizada la reunión de los Ministros de la Educación de los estados miembros de la organización, el Presidente de la República de Azerbaiyán recibió los jefes de las delegaciones.

Entre los años 1992 - 2003 las relaciones entre Azerbaiyán y la organización se caracterizaron como consultativas, pero desde 2003 las relaciones se convirtieron en la cooperación en distintas esferas. Aunque existe una cooperación estrecha entre los estados miembros de la organización, los conflictos (Azerbaiyán - Armenia, Rusia - Georgia, Grecia - Turquia) y la crisis económica debilitaron las relaciones.

El 26 de noviembre de 2012, en Bakú comenzó su trabajo la reunión del Comité permanente de la Asamblea Parlamentaria de la organización, en el marco de la que se discutieron los nuevos gobiernos, formados en Georgia y Grecia después de la última reunión. El 27 de noviembre se realizó la reunión de la Asamblea General de la organización en Azerbaiyán.

En el septiembre de 2012, en Ganyá se celebró la reunión del Comité de la economía, comercio, tecnología y ecología de la Organización del Mar Negro, en la que participaron los representantes de Bulgaria, Georgia, Rumanía, Ucrania y Grecia. En la reunión el representante azerbaiyano, diputado de la Asamblea Nacional de Azerbaiyán, Musa Quliyev, fue nombrado el presidente de Comité.

El 3 de diciembre de 2014 en Bakú se puso en marcha la reunión de los ministros de ciencia y tecnología de los estados miembros de la organización, fue discutido el plan de cooperación de los estados en las esferas de ciencia y tecnología para los años 2014-2018. Durante las negociaciones se presentó un proyecto de la construcción de autopista transeurasia. El proyecto fue apoyado por la Asamblea General de la ONU. Desde el 1 de julio de 2014 hasta 2017 Azerbaiyán fue coordinador de la Comisión de la actividad en la esfera de ciencia y tecnología de la organización.

El 22 de mayo de 2017, en Estambul fue celebrada la cumbre de la organización de la Cooperación Económica del Mar Negro, en la que fue aprobado la Declaración Conjunta. En la declaración fue señalado que desde la segunda mitad de 2018 la presidencia de la organización se asumirá a Azerbaiyán.

Azerbaiyán se representa en los siguientes órganos de la organización de la Cooperación Económica del Mar Negro:

1. Consejo de los directores

2. Consejo de los administradores​

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