Dunsterville ordenó la evacuación de la ciudad el 14 de septiembre, después de seis semanas de ocupación, y se retiró a Irán, la mayoría de la población armenia escapó con las fuerzas británicas. El Ejército del Islam otomano y sus aliados azerí, dirigidos por Nuri Pasha, entraron en Bakú el 15 de septiembre y asesinaron entre 10.000 - 20.000 armenios en represalia por la masacre de los musulmanes en marzo.
La capital de Azerbaiyán finalmente fue trasladada desde Ganja a Bakú. Sin embargo, después del Armisticio de Mudros entre el Reino Unido y el Imperio otomano el 30 de octubre de tropas turcas fueron sustituidas por las de la Triple Entente. dirigidas por el general británico W. Thomson, a los que se declaró a sí mismo el gobernador militar de Bakú, 5.000 soldados de la Commonwealth llegaron a Bakú el 17 de noviembre de 1918. Por orden del General Thomson, se aplicó la ley marcial en Bakú.
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