La etapa actual del conflicto empieza en 1987 con los ataques contra la población azerbaiyana en Armenia y en la ciudad de Jankendi (Nagorno Karabaj).

Las operaciones militares a gran escala comenzaron entre fines de 1991 y principios de 1992. En febrero de 1992, los armenios cometieron la masacre contra la población azerbaiyana en Jodzhalí. El objetivo principal de esta acción brutal era el exterminio de toda la población de la ciudad. Sólo por casualidad sobrevivieron algunos ciudadanos de Jodzhalí para ser testigos ante la historia.

Como resultado del genocidio fueron asesinadas 613 personas, más de 1000 ciudadanos pacíficos fueron heridos y se quedaron inválidos; fueron capturadas 1275 personas. Hasta hoy en día, se desconoce el destino de 150 personas. Entre los asesinados se encuentran 106 mujeres, 63 niños, 70 personas mayores. Entre las personas inválidas 76 personas eran menores de edad. Como resultado de este crimen político- militar, fueron completamente exterminadas 8 familias, 25 niños se quedaron huérfanos, 130- huérfanos de uno de los padres. Cincuenta y seis mártires fueron asesinados con una brutalidad particular – quemados vivos, cegados, decapitados; a las mujeres les abrieron el vientre con bayonetas. Como resultado de estas acciones se expulsó de Nagorno Karabaj a toda la población azerbaiyana y se completó la ocupación de la región. Tras la ocupación de Lachin en mayo de 1992, el territorio de Nagorno Karabaj quedó unido a Armenia.

Los territorios de la República de Azerbaiyán ocupados en los años 1992-1994:

Shusha y Lachin (mayo 1992), Kalbadzhar (abril de 1993), Agdam (julio 1993), Dzabrail y Kubatli (agosto 1993), Zanguilan (octubre de 1993).

El 30 de abril de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU adoptó la resolución Nº 822 sobre la retirada inmediata de las fuerzas armadas de Kelbadzhar y otros territorios ocupados de Azerbaiyán. El 29 de julio de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la resolución Nº 853 Sobre la retirada completa, inmediata e incondicional de las fuerzas armadas de Agdam y otros territorios ocupados de Azerbaiyán. El 14 de octubre de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la resolución Nº 874 sobre adopción de las medidas inmediatas según el calendario establecido por el Grupo de Minsk de la OSCE, incluyendo la retirada de las tropas armenias de los territorios recientemente ocupados. El 11 de noviembre de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU adoptó la resolución Nº 884 que condenaba la ocupación de la región de Zanguilan y la aldea de Goradiz, ataques contra la población civil y los bombardeos del territorio de la República de Azerbaiyán e exigía la retirada unilateral de las fuerzas de la región de Zanguilan, el pueblo Goradiz y otros territorios recientemente ocupados.

El 12 de mayo de 1994, fue firmado el acuerdo sobre el cese del fuego. Desde el verano de 2003, creció considerablemente el número de violaciones de cese el fuego por parte armenia.

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