Esta bandera fue adoptada oficialmente el 5 de febrero de 1991.
La bandera actual ya se utilizó por primera vez en 1918, cuando Azerbaiyán logró su independencia del Imperio ruso durante la Revolución y su posterior guerra civil. Esta bandera (cuya única diferencia era la posición de la media luna y la estrella y sus tamaños) duró hasta 1920, año en el que es incorporado Azerbaiyán en la Unión Soviética. A partir de esta fecha, adopta una bandera roja con la inscripción ACCP (iniciales en cirílico de la República Socialista Soviética de Azerbaiyán) en la esquina superior del lado del asta. En 1937 se añade la hoz y el martillo y se cambian las iniciales por AzSSR en caracteres latinos. En los años 1940, se cambian los caracteres latinos por cirílicos, quedando АзССР. El 7 de octubre de 1952, se adopta una nueva bandera, que es similar a la de la URSS, pero con una franja azul en la parte inferior.
